【创新前沿】mBio期刊报道我校重要成果:杀鱼爱德华氏菌功能基因组与疫苗研究获新突破
发布时间:2017-10-09   访问次数:249

作者:杨冠骅        摄影:杨冠骅

      杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)是一种重要的海洋动物病原菌,在世界海水养殖业特别是鲆鲽鱼类中造成重大的经济损失。

       2017103日,美国微生物学会权威期刊mBio2017,8(5): e01581-17)在线发表我校的研究成果。科研人员利用转座元件构建突变株文库,使用突变株文库对大菱鲆进行腹腔感染,在感染的不同阶段进行回收突变株,利用高通量测序进行对文库中突变株的丰度变化进行检测。实验结果显示已知的三型和六型分泌系统在感染初期并非必需基因,而到感染后期成为条件必需基因。本研究的创新点在于对Tn-seq技术进行改进,开发出了多时间点的聚类分析方法(PACE, Pattern Analysis of Conditional Essentiality)。使用该方法,可以对突变株在多个时间点的动态变化过程进行分类,并在全基因组范围内评价每个编码基因(位点)对于该菌在体内感染过程的贡献。同时,利用已知减毒活疫苗靶点基因的动态模型,寻找到了新的优良候选疫苗靶点基因,为疫苗理性设计提供了新的思路。  

      此项研究中我校生物反应器工程国家重点实验室为第一完成单位,博士研究生杨冠骅为论文的第一作者,青年教师王启要教授为论文的通讯作者。合作单位为海洋科学与技术国家实验室、美国哈佛大学和加拿大西部三一学院。在论文完成过程中受到张元兴教授的大力支持。本课题受到国家自然科学基金重点项目和863主题项目经费支持。

  

  

A. 转座子突变株文库测序(Tn-seq)实验流程;

B. 多时间点Tn-seq必须基因分析与聚类分析流程

  

文章信息:Yang G, Billings G, Hubbard TP, Park JS, Yin Leung K, Liu Q, Davis BM, Zhang Y, Wang Q*, Waldor MK. Time-Resolved Transposon Insertion Sequencing Reveals Genome-Wide Fitness Dynamics during Infection. mBio 2017, 8(5): e01581-17.